Днес базилика "Света София" е в центъра на София, но през Късната античност църквата се намирала извън крепостните стени. Първоначално тя била скромна гробищна църква, или по-точно – последователност от три църкви, които били построени една след друга и една върху друга в продължение на два века. Четвъртата църква – тази, която виждате днес, – била построена в края на V и началото на VI в. 

Църквата била използвана и през Средновековието. През ХVI в. била превърната в джамия, а през ХIХ в. била изоставена след серия от земетресения, които ѝ нанесли тежки поражения. В края на ХIХ в. базиликата била използвана като склад и наблюдателница за местната пожарна команда. 

Едва през 1911 г. археологът проф. Богдан Филов проучил базиликата и инициирал нейната реставрация. През 1998 г. "Св. София" отново стана функционираща църква.

След векове, в които в нея не е изпълняван християнски религиозен ритуал, днес интериорът на "Св. София" е гол. Размерите на църквата обаче я правят впечатляваща гледка. Тя е дълга 46 м, широка е 20 м, а куполът ѝ достига 20 м височина. Подземното равнище е отворено за посетители – мрачен лабиринт от саркофази и гробници в фрески от некропола, на който някога служела църквата.

"Св. София" е едновременно функционираща църква и музей – нещо, което няма да видите в другите късноантични базилики в България.